******************************************************************************** XSTREME - Motif Discovery and Enrichment Analysis ******************************************************************************** MEME version 5.5.5 (Thu Sep 14 08:48:04 2023 +1000) For further information on how to interpret these results please access https://meme-suite.org/meme. To get a copy of the MEME Suite software please access https://meme-suite.org. ******************************************************************************** ******************************************************************************** REFERENCE ******************************************************************************** If you use this program in your research, please cite: Charles E. Grant and Timothy L. Bailey, "XSTREME: comprehensive motif analysis of biological sequence datasets", BioRxiv, September 3, 2021. ******************************************************************************** ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies (from file `xstreme_example_output_files/background'): A 0.22190 C 0.27810 G 0.27810 T 0.22190 MOTIF 2-GCTGAGTCATN STREME-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 181 E= 8.5e-004 0.016567 0.020591 0.928765 0.034078 0.157305 0.767699 0.047690 0.027306 0.013760 0.000272 0.000272 0.985697 0.000217 0.007042 0.978984 0.013758 0.972151 0.000272 0.007042 0.020536 0.027301 0.217058 0.755425 0.000217 0.000217 0.000272 0.000272 0.999240 0.003026 0.996486 0.000272 0.000217 0.999240 0.000272 0.000272 0.000217 0.020530 0.185988 0.103186 0.690296 0.218358 0.290512 0.318782 0.172349 MOTIF CCASYAGRKGGCRSY MEME-4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 214 E= 4.6e-056 0.060748 0.887850 0.000000 0.051402 0.000000 0.995327 0.000000 0.004673 0.668224 0.009346 0.168224 0.154206 0.000000 0.607477 0.392523 0.000000 0.140187 0.383178 0.116822 0.359813 0.813084 0.000000 0.079439 0.107477 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.350467 0.000000 0.640187 0.009346 0.046729 0.000000 0.630841 0.322430 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.032710 0.000000 0.925234 0.042056 0.186916 0.719626 0.000000 0.093458 0.336449 0.051402 0.565421 0.046729 0.098131 0.528037 0.303738 0.070093 0.144860 0.364486 0.116822 0.373832 MOTIF 5-AGATAAGG STREME-5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 289 E= 5.0e-002 0.938337 0.022526 0.009024 0.030113 0.097030 0.021313 0.846658 0.034999 0.995108 0.001520 0.001795 0.001576 0.000278 0.005741 0.038524 0.955457 0.949772 0.001293 0.028184 0.020752 0.949294 0.017704 0.031024 0.001978 0.137158 0.028070 0.828203 0.006570 0.113510 0.177531 0.673227 0.035732 MOTIF SCCCCGCCCCC MEME-3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 324 E= 1.3e-045 0.064815 0.283951 0.506173 0.145062 0.052469 0.734568 0.000000 0.212963 0.000000 0.799383 0.061728 0.138889 0.058642 0.938272 0.000000 0.003086 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.175926 0.000000 0.641975 0.182099 0.000000 0.962963 0.037037 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.753086 0.000000 0.246914 0.033951 0.898148 0.000000 0.067901 0.000000 0.765432 0.095679 0.138889 MOTIF 3-GCGCATGCGCAC STREME-3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 82 E= 1.4e-002 0.094025 0.000625 0.889266 0.016084 0.062843 0.889272 0.047387 0.000499 0.016084 0.000625 0.982792 0.000499 0.000499 0.967206 0.016210 0.016084 0.795572 0.109769 0.094160 0.000499 0.031669 0.203319 0.047387 0.717625 0.000499 0.016210 0.982792 0.000499 0.000499 0.936030 0.000625 0.062846 0.016084 0.016213 0.951618 0.016084 0.000499 0.951615 0.000625 0.047260 0.764393 0.047396 0.187713 0.000499 0.140783 0.608640 0.203322 0.047254 MOTIF 4-CACTTCCTGKT STREME-4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 87 E= 4.3e-002 0.155575 0.579884 0.145498 0.119043 0.998521 0.000529 0.000529 0.000422 0.000422 0.998627 0.000529 0.000422 0.026785 0.000529 0.000529 0.972157 0.000422 0.000529 0.000529 0.998521 0.026780 0.972269 0.000529 0.000422 0.000422 0.998627 0.000529 0.000422 0.000422 0.013708 0.211416 0.774454 0.119033 0.099502 0.781042 0.000422 0.167523 0.054813 0.295981 0.481683 0.184946 0.199818 0.182858 0.432378 MOTIF MA0102.3 CEBPA letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 117 E= 1.87e-007 0.675741 0.086957 0.237303 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.999999 0.000000 0.000000 0.000000 0.999999 0.046024 0.000000 0.737955 0.216020 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.780520 0.083170 0.069591 0.066719 0.173652 0.499674 0.000000 0.326675 0.798146 0.201854 0.000000 0.000000 0.999999 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.371328 0.117770 0.510902 0.378901 0.323998 0.058102 0.239000 URL http://jaspar2018.genereg.net/matrix/MA0102.3 MOTIF GACTACAWYTCCCAG MEME-6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 23 E= 8.9e-014 0.217391 0.043478 0.739130 0.000000 0.913043 0.086957 0.000000 0.000000 0.043478 0.956522 0.000000 0.000000 0.000000 0.173913 0.000000 0.826087 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.826087 0.000000 0.173913 0.000000 0.434783 0.043478 0.000000 0.521739 0.000000 0.478261 0.086957 0.434783 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.826087 0.000000 0.173913 0.000000 0.000000 0.086957 0.739130 0.173913 MOTIF TTTTYTTTTYTTTYW MEME-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 154 E= 2.7e-059 0.006494 0.162338 0.000000 0.831169 0.116883 0.000000 0.136364 0.746753 0.259740 0.006494 0.000000 0.733766 0.097403 0.103896 0.175325 0.623377 0.071429 0.337662 0.149351 0.441558 0.032468 0.000000 0.000000 0.967532 0.000000 0.064935 0.058442 0.876623 0.214286 0.162338 0.110390 0.512987 0.051948 0.266234 0.064935 0.616883 0.123377 0.344156 0.097403 0.435065 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.032468 0.292208 0.675325 0.000000 0.000000 0.019481 0.980519 0.006494 0.428571 0.181818 0.383117 0.344156 0.175325 0.000000 0.480519 MOTIF MA0502.1 NFYB letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 88 E= 7.62e-005 0.422365 0.225071 0.282621 0.069943 0.401140 0.250570 0.153561 0.194729 0.401852 0.250712 0.167521 0.179915 0.093305 0.317379 0.155128 0.434188 0.096011 0.295726 0.385613 0.222650 0.403419 0.155413 0.424217 0.016952 0.499858 0.019801 0.416097 0.064245 0.000000 0.999999 0.000000 0.000000 0.000000 0.999999 0.000000 0.000000 0.999999 0.000000 0.000000 0.000000 0.997577 0.000000 0.002422 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.999999 0.058832 0.680911 0.243447 0.016809 0.776922 0.013818 0.207550 0.001709 0.103276 0.134330 0.731623 0.030769 URL http://jaspar2018.genereg.net/matrix/MA0502.1 MOTIF MA0117.2 Mafb letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 68 E= 1.44e-004 0.566649 0.079708 0.149337 0.204306 0.578825 0.055455 0.072870 0.292851 0.494958 0.098993 0.083411 0.322640 0.340971 0.182401 0.196609 0.280018 0.085300 0.199677 0.010017 0.705006 0.000909 0.006356 0.990465 0.002271 0.118521 0.876654 0.002010 0.002813 0.013773 0.015994 0.000889 0.969344 0.018673 0.005395 0.905391 0.070540 0.980671 0.005844 0.007641 0.005844 0.058204 0.697791 0.156701 0.087305 0.266728 0.063246 0.296059 0.373968 URL http://jaspar2018.genereg.net/matrix/MA0117.2 MOTIF MA0585.1 AGL1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 18 nsites= 39 E= 3.34e-004 0.323061 0.169248 0.230776 0.276915 0.184621 0.092337 0.138483 0.584559 0.061563 0.015425 0.138483 0.784528 0.323061 0.076954 0.338453 0.261532 0.000034 0.999889 0.000043 0.000034 0.015417 0.969125 0.015425 0.000034 0.461501 0.092337 0.107718 0.338444 0.476884 0.061571 0.123101 0.338444 0.646089 0.015425 0.015425 0.323061 0.399973 0.046190 0.030807 0.523031 0.215386 0.215395 0.138483 0.430737 0.230768 0.123101 0.430746 0.215386 0.107710 0.000043 0.861448 0.030798 0.061563 0.000043 0.861448 0.076945 0.399973 0.092337 0.076954 0.430737 0.738383 0.153865 0.061571 0.046181 0.599942 0.138483 0.123101 0.138475 0.276915 0.230776 0.292306 0.200003 URL http://jaspar2018.genereg.net/matrix/MA0585.1 MOTIF MA0517.1 STAT1::STAT2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 102 E= 5.83e-003 0.111292 0.101616 0.124196 0.662896 0.241935 0.370967 0.135486 0.251613 0.693540 0.011294 0.243549 0.051616 0.004842 0.238711 0.753218 0.003230 0.000004 0.003230 0.000004 0.996762 0.004842 0.003230 0.000004 0.991923 0.004842 0.020972 0.006456 0.967730 0.000004 0.937086 0.000004 0.062906 0.411287 0.120971 0.308065 0.159678 0.172582 0.179034 0.259677 0.388707 0.006455 0.020972 0.016133 0.956440 0.016132 0.003230 0.000004 0.980633 0.006455 0.274194 0.006456 0.712895 0.024197 0.788702 0.014520 0.172582 0.045164 0.588705 0.058069 0.308064 URL http://jaspar2018.genereg.net/matrix/MA0517.1 MOTIF 8-GGTCACGTGABBS STREME-8 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 59 E= 2.7e+000 0.000491 0.046667 0.798848 0.153994 0.046542 0.108068 0.844899 0.000491 0.031192 0.108068 0.015966 0.844774 0.000491 0.768135 0.230882 0.000491 0.998277 0.000616 0.000616 0.000491 0.000491 0.921650 0.000616 0.077243 0.000491 0.000616 0.998401 0.000491 0.000491 0.000616 0.000616 0.998277 0.000491 0.230882 0.768135 0.000491 0.768023 0.015966 0.184819 0.031192 0.015842 0.430429 0.246220 0.307509 0.092599 0.230882 0.430424 0.246096 0.138644 0.415085 0.307621 0.138650 MOTIF 7-CAAGATGGC STREME-7 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 58 E= 1.8e+000 0.000703 0.865748 0.132845 0.000703 0.953579 0.000882 0.000882 0.044658 0.997533 0.000882 0.000882 0.000703 0.125649 0.000882 0.850794 0.022676 0.997533 0.000882 0.000882 0.000703 0.000703 0.066825 0.144837 0.787634 0.000703 0.000882 0.975739 0.022676 0.022676 0.053975 0.856702 0.066647 0.000703 0.960829 0.000882 0.037586 MOTIF MA0773.1 MEF2D letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 38 E= 3.96e-002 0.365265 0.018780 0.333046 0.282908 0.004759 0.986233 0.000000 0.009007 0.000515 0.003775 0.000000 0.995709 0.997249 0.001375 0.000344 0.001031 0.479242 0.000000 0.000345 0.520412 0.881244 0.000607 0.000000 0.118147 0.963632 0.000000 0.000332 0.036035 0.987744 0.000340 0.000170 0.011745 0.000000 0.000000 0.000000 0.999999 0.999310 0.000000 0.000689 0.000000 0.054997 0.002758 0.941433 0.000811 0.496362 0.402229 0.010838 0.090571 URL http://jaspar2018.genereg.net/matrix/MA0773.1 MOTIF TGCACTCCAGCCTGG MEME-7 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 15 E= 2.1e-005 0.000000 0.000000 0.066667 0.933333 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.866667 0.000000 0.066667 0.066667 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.133333 0.000000 0.000000 0.866667 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.933333 0.066667 0.000000 0.933333 0.066667 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.866667 0.066667 0.066667 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 MOTIF RGCTCACTGCAGCCT MEME-10 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 20 E= 2.8e-002 0.650000 0.000000 0.350000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.800000 0.200000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.200000 0.800000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.050000 0.700000 0.000000 0.250000 0.200000 0.250000 0.000000 0.550000 0.050000 0.050000 0.900000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.150000 0.000000 0.850000 0.000000 0.150000 0.650000 0.100000 0.100000 0.100000 0.900000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000